Tijela Fonda: Upravni odbor, Nadzorni odbor i Predsjednik Fonda

Prema članku 7.  Zakona o Fondu za naknadu oduzete imovine (Nar. nov., br.69/97, 105/99 i 64/00) - redakcijski pročišćeni tekst - tijelo upravljanja Fonda jest Upravni odbor. Upravni odbor ima pet članova, a čine ga:
Slavko Linić, ministar financija, predsjednik Upravnog odbora Fonda
Arsen Bauk, ministar uprave, zamjenik predsjednika Upravnog odbora Fonda
mr.sc. Orsat Miljenić, ministar pravosuđa, član  
Tihomir Jakovina, ministar poljoprivrede, član i
Anka Mrak-Taritaš, ministrica graditeljstva i prostornog uređenja, članica.

Prema članku 10. Zakona o Fondu za naknadu oduzete imovine (Nar. nov., br. 69/97, 105/99 i 64/00) - redakcijski pročišćeni tekst - radi provedbe nadzora nad radom Fonda osniva se Nadzorni odbor.  Nadzorni odbor ima pet članova, a čine ga:
Ingrid Antičević Marinović, predsjednica Odbora za zakonodavstvo Hrvatskog sabora, predsjednica Nadzornog odbora Fonda
Igor Rađenović, predsjednik Odbora za gospodarstvo Hrvatskog sabora, zamjenik predsjednice Nadzornog odbora Fonda
mr. Srđan Gjurković, predsjednik Odbora za financije i državni proračun Hrvatskog sabora, član
te iz reda uglednih pravnih stručnjaka:
Zvonimir Buterin, dipl. iur., član i
Boris Ravić, dipl. iur., član.

Predsjednik Fonda rukovodi, predstavlja i zastupa Fond. Predsjednika Fonda imenuje Vlada Republike Hrvatske.

Predsjednica Fonda: Vesna Goluža, dipl.oec.