Djelatnost Fonda za naknadu oduzete imovine propisana je Zakonom o Fondu i Zakonom o naknadi za imovinu oduzetu za vrijeme jugoslavenske komunističke vladavine (Narodne Novine, broj 92/96, 39/99, 42/99, 92/99, 43/00, 131/00, 27/01, 65/01, 118/01, 80/02 i 81/02).

Radi ostvarivanja zadataka utvrđenih Zakonom, Fond obavlja stručne i upravne poslove koji se odnose na:

• isplatu naknade u novcu i obveznicama Republike Hrvatske ovlaštenicima naknade temeljem pravomoćnih rješenja o naknadi za oduzetu imovinu zaprimljenih od strane nadležnih ureda državne uprave, kada je prema odredbama Zakona o naknadi za imovinu oduzetu za vrijeme jugoslavenske komunističke vladavine prijašnjem vlasniku propisana naknada u ovom obliku
• prodaju nacionaliziranih i konfisciranih stanova nositeljima stanarskog prava odnosno zaštićenim najmoprimcima pod uvjetima i na način propisan Zakonom o naknadi za imovinu oduzetu za vrijeme jugoslavenske komunističke vladavine i Zakonom o Fondu za naknadu oduzete imovine
• prikupljanje sredstava ostvarenih prodajom stanova, evidenciju prodanih stanova i praćenje naplate, evidenciju hipotekarnih dužnika i izradu brisovnih očitovanja
• sudjelovanje u upravnim postupcima u kojima, sukladno Zakonu o naknadi, Fond ima položaj stranke odnosno obveznika naknade
• sudjelovanje u sudskim postupcima u kojima je ovaj Fond tužitelj ili tuženik u parnicama koje se odnose na prodaju nacionaliziranih i konfisciranih stanova
• izdavanje Globalne obveznice Republike Hrvatske za naknadu imovine oduzete za vrijeme jugoslavenske komunističke vladavine